UAB „Kauno autobusai“ valdymo organai yra šie: visuotinis akcininkų susirinkimas; kolegialus valdymo organas – valdyba; vienasmenis valdymo organas – bendrovės vadovas.
Bendrovės valdyba yra kolegialus bendrovės valdymo organas, sudaryta iš penkių narių, ketveriems metams renkama visuotinio akcininkų susirinkimo.
Šiuo metu bendrovės valdybą sudaro šie nariai: Petras Ganiprauskas (pirmininkas), Giedrius Kazlauskas, Aida Radauskaitė.
